Expériences Professionnelles

Titulaire du Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) en qualité d’Ingénieur d’Etudes BAP « Ingénieur en ingénierie logicielle »
Observatoire des Sciences de l’Univers de Lyon – UAR3721, 2 rue Raphaël Dubois 69100 Villeurbanne.
Sous la direction de Bruno Guiderdoni (directeur).
 
 

Janv. 2024

• Co-Responsable Technique du Centre de Données d’Observation et de Services (CDOS) de l’Observatoire, « OSUL-DC »

Missions

• Mise en œuvre de projets et encadrement de personnels techniques pour les développements logiciels, l’administration et la maintenance des bases de données de l’OSU de Lyon
• Assurer la diffusion, la sauvegarde et la valorisation des données de l’OSUL en conformité avec la feuille de route du « Schéma Stratégique du Numérique » de l’OSUL

Périmètre d’activités

• Superviser et/ou concevoir des développements techniques pour la valorisation, la diffusion, et l’accès aux données scientifiques produites au sein de l’OSUL
• Assurer la gestion, la coordination et la mise en œuvre de projets logiciels (cahier des charges, investissement matériel, recrutement de personnels, superviser les réalisations)
• Encadrement et supervision fonctionnelle des contractuels et étudiants stagiaires dans le cadre de la gestion des projets de développements
• Responsable opérationnel des projets logiciels et infrastructures déployés par le service « Data »
• Collaborer à identifier / planifier les nécessités de mutualisation, de rationalisation et d’investissement sur les infrastructures matérielles de stockage et de sauvegarde des données,
• Participer aux groupes de travail de l’OSUL (Données & Schéma Stratégique du Numérique) dont la vocation est de proposer des stratégies d’évolution pour une gestion optimisée des données de la recherche,
• Fournir un appui technique et une expertise aux Services Nationaux d’Observation (SNO)  » AA – ANO5 Centres de traitement, d’archivage et de diffusion de données  » entre autres.
• Gestion du budget « service data »

 Co-signataire publications

• Thibault Garel, Léo Michel-Dansac, Anne Verhamme, Valentin Mauerhofer, Harley Katz, Jérémy Blaizot, Floriane Leclercq, Grégory Salvignol
  A public grid of radiative transfer simulations for Lyman-alpha and metal lines in idealised galactic outflows
  Astronomy & Astrophysics, Aug 2024
• Roland Bacon, Jarle Brinchmann, Simon Conseil, Michael Maseda, Themiya Nanayakkara, Martin Wendt, Raphael Bacher, David Mary, Peter M. Weilbacher, Davor Krajnović, Leindert Boogaard, Nicolas Bouché, Thierry Contini, Benoît Epinat, Anna Feltre, Yucheng Guo, Christian Herenz, Wolfram Kollatschny, Haruka Kusakabe, Floriane Leclercq, Léo Michel-Dansac, Roser Pello, Johan Richard, Martin Roth, Gregory Salvignol, Joop Schaye, Matthias Steinmetz, Laurence Tresse, Tanya Urrutia, Anne Verhamme, Eloise Vitte, Lutz Wisotzki and Sebastiaan L. Zoutendijk
  The MUSE Hubble Ultra Deep Field surveys: Data release II
  Astronomy & Astrophysics Volume 670, February 2023

Titulaire du Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) en qualité d’Ingénieur d’Etudes BAP « Informatique, Statistique et Calcul Scientifique »
Institut des Sciences Analytiques, 5, rue de la Doua 69100 Villeurbanne.
Sous la direction de Christophe Morell (directeur).

Mars 2017 – Avr. 2019

• Co-responsable du Département Informatique
• Correspondant adjoint «Sécurité des Systèmes d’Informations» (SSI) CNRS

Périmètre d’activités

Réseaux & Sécurité

• Accès réseau local : Brassage de prises, VLANs, Filtrage @MAC, Adressage IP
• Gestion de la sécurité des flux/protocoles au niveau des pare-feu
• Wi-Fi (interne, invité, Eduroam)
• Maintenance & gestion de l’infrastructure réseau lourde (commutateurs, pare-feu)

Systèmes

• Création & gestion des comptes informatiques utilisateurs
• Authentification centralisée des sessions utilisateurs par Active Directory
• Gestion DHCP & Domain Name Server (DNS)
• Gestion des accès aux lecteurs réseaux partagés et ressources partagées
• Sauvegarde des données des lecteurs de fichiers partagés, et répertoires personnels
• Déploiement de Machines Virtuelles, et maintenance des solutions de virtualisation
• Accès et paramétrage copieurs (impression, scanner, photocopies, télécopies)
• Maintenance & gestion de l’infrastructure système (serveurs physiques et virtuels)

Logiciels

• Mise à disposition de solutions anti-virales centralisées (Kaspersky)
• Conseils, établissement de devis de licences logicielles selon l’offre des marchés publics

Matériels informatiques

• Conseils, établissement de devis d’achats de matériels et accessoires informatiques selon l’offre des marchés publics
• Installation & configuration (réseau, logiciel) de postes bureautiques
• Chiffrement des ordinateurs portables
• Prêt de matériel informatique préconfiguré
• Fourniture d’accessoires (câbles, etc.)

Téléphonie

• Configuration réseau
• Paramétrage de lignes et de postes
• Fourniture de postes téléphoniques filaires
• Gestion et attribution des lignes
• Maintenance des équipements

Services web ISA-UMR5280

• Intranet & Site web
• Logiciel de Gestion & Réservation de salles
• Logiciel support GLPI
• Interfaces de connexion Wi-Fi, copieurs, passerelles SSH, VPN

Missions

Réalisation des objectifs fixés par la Direction

• Participer à la définition de la stratégie et des objectifs en matière de développement informatique.
• Assurer l’organisation, le suivi et la validation des développements informatiques.
• Mettre en place des projets d’évolution en fonction des besoins des utilisateurs.
• Assurer le reporting informatique auprès de la direction.
• Exercer une veille sur les évolutions technologiques et être force de proposition auprès de la direction.

Pilotage du service informatique

• Gérer le budget du service informatique (33KEUR) : veiller à la maîtrise des budgets relatifs aux évolutions des systèmes d’information.
• Planifier les activités du service et veiller au respect des plannings.
• Assurer le pilotage de la sous-traitance : appel d’offres, choix des prestataires, gestion des contrats, suivi technique.
• Contrôler l’efficacité des réalisations et des prestations des sous-traitants tout au long de la relation contractuelle.

Élaboration de la stratégie et de la politique informatique

• Définir avec la direction les orientations stratégiques en matière d’informatique.
• Définir la politique en matière de sécurité informatique : identification avec la direction des informations sensibles et des risques, proposition des mesures à prendre (Chiffrement des ordinateurs portables, etc.)
• Évaluer et préconiser les investissements informatiques correspondant aux besoins métiers exprimés en tenant compte de leur efficacité et de la maîtrise des risques.
• Assurer une veille technologique et juridique sur les évolutions en matière de systèmes d’information.
• Concevoir une organisation optimale des flux d’information de l’entreprise.
• Assurer l’adéquation entre les besoins utilisateurs, la stratégie et les outils informatiques.

Installation, maintenance et sécurisation du système d’exploitation et d’information

• Définir la politique de maintenance du parc informatique.
• Superviser l’achat des équipements informatiques et des logiciels.
• Superviser l’infrastructure des réseaux d’information et garantir leur fonctionnement et leur sécurité.
• Définir les normes et les standards des bases de données, des outils, systèmes ou réseaux.
• Planifier les plans de maintenance.
• Définir les procédures de qualité et de sécurité des systèmes d’information.

Pilotage des projets métiers

• Recenser les besoins des utilisateurs, assurer le suivi et proposer des arbitrages.
• Réaliser les tableaux de bord de suivi de l’exploitation
• Garantir le bon respect des cahiers des charges.

Développement des applications

• Rédiger les lignes de codes nécessaires à la création d’un produit web, pouvant contenir du texte, des images, de la vidéo et/ou du son.
• Développer les interfaces.
• Corriger et optimiser les fonctionnalités (qualité, charte graphique, ergonomie…).
• Documenter les applications pour les développements ultérieurs et la mise en production.

Maintenance corrective et évolutive des applications

• Assurer les corrections suite aux problèmes soulevés (bugs).
• Prendre en compte les évolutions des solutions techniques existantes.
• Assurer la programmation des évolutions demandées par les utilisateurs.

Support et assistance aux utilisateurs et fonctions transversales

• Apporter un support technique et une assistance aux utilisateurs (400+ demandes / an)
• Définir l’ensemble des moyens de communication interne nécessaires à la mise en place de nouveaux projets SI.

Réalisations précédentes

• Développement et déploiement du site web de l’Institut des Sciences Analytiques http://isa-lyon.fr
• Chef de projet sur le développement et le déploiement de l’extranet authentifié de l’Institut des Sciences Analytiques
• Développement d’applications en soutien à la recherche

Titulaire du Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) en qualité d’Ingénieur d’Etudes BAP « Informatique, Statistique et Calcul Scientifique »
Genoscope (Centre National de Séquençage), Laboratoire d’Analyses Bioinformatiques pour la Genomique et le Metabolisme (LABGeM), 2 rue Gaston Crémieux CP5706 91057 Evry cedex.
Sous la direction de Claudine MEDIGUE.

 Missions

Développement et maintenance de la plateforme MicroScope dédiée à l’annotation et à l’analyse de génomes bactériens

• Développements Web et responsable de la maintenance évolutive sur la plate-forme d’annotation et d’analyse de génomes bactériens MicroScope.
• Centralisation et intégration des développements dédiés à la plateforme MicroScope et réalisés par les développeurs du LABGeM (environnements Eclipse, versioning SVN).
• Développements et maintenance sur le pipeline interne d’insertion des données génomiques dans la base de données de la plateforme PkGDB.
• Maintenance du site web du LABGeM
• Maintenance des interfaces de gestion internes des bases de données de la plateforme : données génomiques, comptes et droits utilisateurs, etc.
• Formation des utilisateurs de la plateforme MicroScope (en anglais et français).
• Rédaction des tutoriels et maintenance de l’aide en ligne.
• Suivi des projets d’annotation de génomes bactériens : assistance aux utilisateurs, correspondant avec les responsables de projets, développements ponctuels et spécifiques sur la plateforme selon les attentes de nos collaborateurs.
• Veille technologique, référencement web, ergonomie, web design.
• Participation à la mise en place du système de gestion par la qualité du LABGeM pour ses activités de recherche, développement et services (certification ISO 9001 obtenue en février 2012).

 Co-signataire publications

• Supply P, Marceau M, Mangenot S, Roche D, Rouanet C, Khanna V, Majlessi L, Criscuolo A, Tap J, Pawlik A, Fiette L, Orgeur M, Fabre M, Parmentier C, Frigui W, Simeone R, Boritsch EC, Debrie AS, Willery E, Walker D, Quail MA, Ma L, Bouchier C, Salvignol G, Sayes F, Cascioferro A, Seemann T, Barbe V, Locht C, Gutierrez MC, Leclerc C, Bentley SD, Stinear TP, Brisse S, Médigue C, Parkhill J, Cruveiller S, Brosch R.
  Genomic analysis of smooth tubercle bacilli provides insights into ancestry and pathoadaptation of Mycobacterium tuberculosis.
  Nat Genet. 2013 Jan 6. doi : 10.1038/ng.2517
• Vallenet D, Belda E, Calteau A, Cruveiller S, Engelen S, Lajus A, Le Fèvre F, Longin C, Mornico D, Roche D, Rouy Z, Salvignol G, Scarpelli C, Thil Smith AA, Weiman M, Médigue C.
  MicroScope—an integrated microbial resource for the curation and comparative analysis of genomic and metabolic data.
  Nucleic Acids Res. 2013 Jan 1 ;41(D1):D636-47. doi : 10.1093/nar/gks1194

CDD de 18 mois – Salarié du Commissariat à l’Energie Atomique (CEA) 
Genoscope (Centre National de Séquençage), Laboratoire d’Analyses Bioinformatiques pour la Genomique et le Metabolisme (LABGeM), 2 rue Gaston Crémieux CP5706 91057 Evry cedex.
Sous la direction de Claudine MEDIGUE.

 Missions

Développement et maintenance de la plateforme MicroScope dédiée à l’annotation et à l’analyse de génomes bactériens

• Développements Web et maintenance évolutive sur la plate-forme d’annotation et d’analyse de génomes bactériens MicroScope.
• Développements et maintenance sur le pipeline interne d’insertion des données génomiques dans la base de données de la plateforme PkGDB.
• Maintenance du site web du LABGeM
• Maintenance des interfaces de gestion internes des bases de données de la plateforme : données génomiques, comptes et droits utilisateurs, etc.
• Formation des utilisateurs de la plateforme MicroScope (en anglais et français).
• Rédaction des tutoriels et maintenance de l’aide en ligne.
• Suivi des projets d’annotation de génomes bactériens : assistance aux utilisateurs, correspondant avec les responsables de projets, développements ponctuels et spécifiques sur la plateforme selon les attentes de nos collaborateurs.
• Veille technologique, référencement web, ergonomie, web design.

 Co-signataire publications

• Remenant B, Coupat-Goutaland B, Guidot A, Cellier G, Wicker E, Allen C, Fegan M, Pruvost O, Elbaz M, Calteau A, Salvignol G, Mornico D, Mangenot S, Barbe V, Medigue C, Prior P.
  Genomes of three tomato pathogens within the Ralstonia solanacearum species complex reveal significant evolutionary divergence.
  BMC Genomics. 2010 Jun 15 ;11(1):379.
• Arsène-Ploetze F, Koechler S, Marchal M, Coppée JY, Chandler M, Bonnefoy V, Brochier-Armanet C, Barakat M, Barbe V, Battaglia-Brunet F, Bruneel O, Bryan CG, Cleiss-Arnold J, Cruveiller S, Erhardt M, Heinrich-Salmeron A, Hommais F, Joulian C, Krin E, Lieutaud A, Lièvremont D, Michel C, Muller D, Ortet P, Proux C, Siguier P, Roche D, Rouy Z, Salvignol G, Slyemi D, Talla E, Weiss S, Weissenbach J, Médigue C, Bertin PN.
  Structure, function, and evolution of the Thiomonas spp. genome.
  PLoS Genet. 2010 Feb 26 ;6(2):e1000859.

CDD de 3 ans – Salarié du Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) 
Genoscope (Centre National de Séquençage), Atelier de Génomique Comparative, 2 rue Gaston Crémieux CP5706 91057 Evry cedex.
Sous la direction de Claudine MEDIGUE.

 Missions

Développement et maintenance de la plateforme MicroScope dédiée à l’annotation et à l’analyse de génomes bactériens

• Développements Web sur l’interface d’annotation et d’analyse de génomes bactériensMaGe.
• Développements et maintenance sur le pipeline interne d’insertion des données génomiques dans la base de données de la plateforme PkGDB.
• Maintenance du site web du Laboratoire de Génomique Comparative
• Maintenance des interfaces de gestion internes des bases de données de la plateforme : données génomiques, comptes et droits utilisateurs, etc.
• Formation des utilisateurs de la plateforme MicroScope (en anglais et français).
• Suivi des projets d’annotation de génomes bactériens : assistance aux utilisateurs, correspondant avec les responsables de projets, développements ponctuels et spécifiques sur la plateforme selon les attentes de nos collaborateurs.
• Veille technologique.

 Co-signataire publications

• Vallenet D, Engelen S, Mornico D, Cruveiller S, Fleury L, Lajus A, Rouy Z, Roche D, Salvignol G, Scarpelli C, Médigue C.
  MicroScope : a platform for microbial genome annotation and comparative genomics.
  Database (Oxford). 2009 ;2009:bap021. Epub 2009 Nov 25.
• Vuilleumier S, Chistoserdova L, Lee MC, Bringel F, Lajus A, Zhou Y, Gourion B, Barbe V, Chang J, Cruveiller S, Dossat C, Gillett W, Gruffaz C, Haugen E, Hourcade E, Levy R, Mangenot S, Muller E, Nadalig T, Pagni M, Penny C, Peyraud R, Robinson DG, Roche D, Rouy Z, Saenampechek C, Salvignol G, Vallenet D, Wu Z, Marx CJ, Vorholt JA, Olson MV, Kaul R, Weissenbach J, Médigue C, Lidstrom ME.
  Methylobacterium genome sequences : a reference blueprint to investigate microbial metabolism of C1 compounds from natural and industrial sources.
  PLoS ONE. 2009 ;4(5):e5584. Epub 2009 May 18

CDD de 15 mois – Salarié du Consortium National de Recherche en Génomique ( CNRG ) 
Genoscope (Centre National de Séquençage), Atelier de Génomique Comparative, 2 rue Gaston Crémieux CP5706 91057 Evry cedex.
Sous la direction de Claudine MEDIGUE.

 Missions

Développement et maintenance de la plateforme MicroScope dédiée à l’annotation et à l’analyse de génomes bactériens

• Développements Web et maintenance évolutive sur l’interface d’annotation et d’analyse de génomes bactériens MaGe
• Développement du site web du Laboratoire de Génomique Comparative
• Mise en place d’interfaces de gestion internes pour les bases de données de la plateforme : données génomiques, comptes et droits utilisateurs, etc.

Stage de 7 mois dans le cadre de la formation du DESS
Institut Pasteur, Unité de Génétique des Génomes Bactériens, 25-28 rue du Docteur Roux 75015 Paris.
Sous la direction du Professeur Antoine DANCHIN.

 Missions

Développement d’une Base de Données dédiée à la connaissance génétique des Bactériophages et interrogeable via Internet, d’après le modèle GenoList.

• Conception du schéma relationnel de la base.
• Programmation de la structure de la base de données.
• Identification, extraction et implémentation des données biologiques d’intérêt.
• Adaptation de l’interface graphique pour l’interrogation de la base.
• Paramétrages du système d’exploitation et des outils informatiques requis.
• Collaboration avec un étudiant chinois en thèse : pratique de l’anglais.
• Rédaction d’un mémoire de DESS.

 Matériel & Méthode

• MacOS X, Interface UNIX.
• Langages :
  • Unix
  • Perl : CGI, BioPerl, Perl DBI/DBD
  • SQL
  • HTML
  • JavaScript
• Système de Gestion de Base de Données Relationnelles : MySQL
• Méthode d’analyse : MERISE
• Serveur Web : Apache
• Données biologiques : National Center for Biotechnology Information

Stage de 5 mois dans le cadre de la formation de Maîtrise.
Institut de Génétique et Microbiologie, laboratoire Génomes, Polymorphisme et MiniSatellites, Bât 400, Université Paris-Sud, 91405 Orsay Cedex.
Sous la direction du Docteur Gilles VERGNAUD.

 Missions

Séquençage et étude de régions minisatellites chez Yersinia pestis.

• Technique PCR
• Purification d’ADN
• Extraction d’ADN sur gel
• Typage d’éléments d’insertion
• Analyse de chromatogrammes
• Utilisation d’outils informatiques de traitement et d’analyse :
  • PHRAP/PHRED
  • « Tandem Repeat Finder »
  • « Database for Tandem Repeat Investigations »
  • CLUSTALW
  • ALIGNn
  • BLASTn
• Rédaction d’un mémoire de Maîtrise

 Co-signataire publication

C. Pourcel, G. Salvignol and G. Vergnaud
« CRISPR elements in Yersinia pestis acquire new repeats by preferential uptake of bacteriophage DNA, and provide additional tools for evolutionary studies »
Microbiology ; 151 : 653-663 ; Mars 2005

Ministère de la Défense,
Direction des Affaires Financières, sous-direction Etudes et Synthèses,
Paris.

 Missions

Suivi des Questions Parlementaires portant sur le Budget de la Défense 2003.

• Secrétariat
• Mise en forme
• Correction

LOBOAL Conseils, 97, Rue Saint-Lazare – 75009 Paris.
Mission auprès du siège social de la société PREDICA, filiale du Crédit Agricole.

 Missions

Adjoint logistique.

• Gestion du courrier.
• Mise à jour du parc de badges magnétiques d’accès aux locaux.
• Soutien logistique.

LOBOAL Conseils, 97, Rue Saint-Lazare – 75009 Paris.
Mission auprès du siège social de la société Crédit Immobilier de France.

 Missions

Adjoint logistique.

• Gestion du courrier
• Soutien logistique

Société de conseils en recrutement RH Facilities, Rouen.
Mission intérimaire de 15 jours – ADECCO

 Missions

Traitement et saisie informatique de Curriculum Vitae pour le compte de clients de RH Facilities.

CARREFOUR,
ZAC du Clos aux Antes,
76410 Tourville-la-Rivière.

 Missions

Equipier de ventes.

• Manutention sur les rayons Loisirs et Culture.
• Gestion des stocks.
• Gestion de commandes clients.
• Accueil, conseils aux clients.
• Encadrement de personnels intérimaires :
  • Sur le secteur Loisirs en période estivale.
  • Sur le secteur Culture en période de rentrée des classes.