Formation Universitaire

 Principaux Enseignements

• Programmation et concepts en informatique.
• Bases de données biologiques.
• Traitement informatique des séquences nucléiques et protéiques.
• Cartographie des génomes.
• Séquençage des acides nucléiques.
• Analyse et comparaison de séquences.
• Méthodes d’étude globale de l’expression des génomes, et génétique inverse.
• Prédiction de structures 3D de protéines et d’acides nucléiques.
• Dynamique des génomes.
• Evolution et phylogénie.
• Génomique humaine, pharmacogénomique, épidémiologie.
• Génomique virale

 Projet Tutoré

Développement d’un service web de recherche bibliographique appliqué au polymorphisme génétique, dans la pression sanguine et l’hypertension, chez l’Homme : « From Genomes to Bibliomes ».

• 70 heures à l’Institut de l’Information Scientifique et Technique.
• Sous la direction de Alain ZASADZINSKI et du Docteur Bertrand RIHN.
• Matériel :
  • Utilisation de la plate-forme DILIB
  • Langages Unix, C

 Stage de 7 mois à l’Institut Pasteur

Stage réalisé sous la direction du Professeur Antoine DANCHIN.
Développement d’une Base de Données dédiée à la connaissance génétique des Bactériophages et interrogeable via Internet, d’après le modèle GenoList.

• Conception du schéma relationnel de la base.
• Programmation de la structure de la base de données.
• Identification, extraction et implémentation des données biologiques d’intérêt.
• Adaptation de l’interface graphique pour l’interrogation de la base.
• Paramétrages du système d’exploitation et des outils informatiques requis.
• Collaboration avec un étudiant chinois en thèse : pratique de l’anglais.
• Rédaction d’un mémoire de DESS.

 Matériel & Méthode

• MacOS X, Interface UNIX.
• Langages :
  • Unix
  • Perl : CGI, BioPerl, Perl DBI/DBD
  • SQL
  • HTML
  • JavaScript
• Système de Gestion de Base de Données Relationnelles : MySQL
• Méthode d’analyse : MERISE
• Serveur Web : Apache
• Données biologiques : National Center for Biotechnology Information

 Principaux Enseignements

• Physiologie animale
• Physiologie végétale
• Physiologie cellulaire et moléculaire
• Métabolisme et régulation
• Génétique moléculaire
• Initiation à la bioinformatique

 Stage de 5 mois à l’Institut de Génétique et Microbiologie

Séquençage et étude de régions minisatellites chez Yersinia pestis.

• Technique PCR
• Purification d’ADN
• Extraction d’ADN sur gel
• Typage d’éléments d’insertion
• Analyse de chromatogrammes
• Utilisation d’outils informatiques de traitement et d’analyse :
  • PHRAP/PHRED
  • « Tandem Repeat Finder »
  • « Database for Tandem Repeat Investigations »
  • CLUSTALW
  • ALIGNn
  • BLASTn
• Rédaction d’un mémoire de Maîtrise

Co-signataire publication

C. Pourcel, G. Salvignol and G. Vergnaud
« CRISPR elements in Yersinia pestis acquire new repeats by preferential uptake of bacteriophage DNA, and provide additional tools for evolutionary studies »
Microbiology ; 151 : 653-663 ; Mars 2005

UFR Sciences et Techniques de Rouen,
Place Émile Blondel
76821 Mont-Saint-Aignan Cedex.

Principaux Enseignements

• Physiologie animale
• Physiologie végétale
• Physiologie cellulaire et moléculaire
• Métabolisme et régulation
• Génétique moléculaire

UFR Sciences et Techniques de Rouen, Place Émile Blondel
76821 Mont-Saint-Aignan Cedex.

UFR Sciences et Techniques de Rouen target= »_blank »,
Place Émile Blondel
76821 Mont-Saint-Aignan Cedex.

Lycée Aristide Briand,
EVREUX.
Math. Sup. – Physique, Chimie, Sciences de l’Ingénieur (PCSI)